Yn ogystal â chael ei dynodi fel AHNE mae rhannau o Lŷn wedi eu dynodi ar sail cadwraeth natur ac fel tirlun o ddiddordeb hanesyddol eithriadol. Am fwy o wybodaeth am y dynodiadau hyn gweler isod:
Ardal Cadwraeth Arbennig (ACA)
Mae 2 ACA yn yr AHNE – Pen Llŷn a’r Sarnau (ACA Morol) a Chlogwyni Penrhyn Llŷn.
Tirwedd o Ddiddordeb Hanesyddol Eithriadol
Cofrestrwyd gan CADW, ICOMOS a Chyfoeth Naturiol Cymru
Safle o Ddiddordeb Gwyddonol Arbennig (SoDdGA)
Dynodwyd nifer helaeth o SoDdGA ar Benrhyn Llŷn gan Gyfoeth Naturiol Cymru.
Arfordir Treftadaeth Llŷn
Dynodiad lleol sydd yn gyffredinol yn cynnwys yr un rhan o'r arfordir â’r AHNE
Gwarchodfa Natur Genedlaethol
Ynys Enlli, cynefin bywyd gwyllt o bwysigrwydd cenedlaethol
Ardaloedd Gwarchod Arbennig
Dynodiad Ewropeaidd a rhyngwladol gyda'r bwriad o warchod adar a’u cynefinoedd. 2 ardal, Glannau Aberdaron ac Ynys Enlli a Mynydd Cilan, Trwyn yr Wylfa ac Ynysoedd Sant Tudwal.